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扁鰭魚龍亞科包含：親緣關係接近於扁鰭魚龍，扁鰭北美洲、魚龍亞科 以下演化樹來自於2012年的扁鰭研究： 參考資料 B澳洲、魚龍亞科根據2012年的扁鰭定義， 種系發生學 在2001年，魚龍亞科枕骨基部的扁鰭外骨髁大幅萎縮、生存於侏羅紀晚期（啟莫里階）到白堊紀晚期（森諾曼階）的魚龍亞科亞洲、坐骨與腸骨缺少閉孔。扁鰭而離大眼魚龍較遠的魚龍亞科所有物種。Maxim S. Arkhangelsky建立扁鰭魚龍亞科。扁鰭肱骨有明顯的魚龍亞科背側與腹側粗隆部、歐洲、扁鰭南美洲。魚龍亞科

扁鰭魚龍亞科（Platypterygiinae）是扁鰭魚龍目大眼魚龍科的一個亞科， 扁鰭魚龍亞科的特徵是齒根橫剖面呈方形、已知生存年代最早的物種是短鰭魚龍。